男性性染色体 XY 中的Y比X要短得多。2012 年研究人员对恒河猴的Y染色体的分析发现,它的Y染色体和人类的Y染色体基本相同,这意味着Y染色体非常稳定,至少 2500 万年没有损失基因。人类与恒河猴的共同祖先可追溯到 2500 万年前。最新一期的《自然》期刊发表了两篇论文(一,二),两个研究团队重建了Y染色体的起源历史。
瑞士 Lausanne 大学的 Henrik Kaessmann 计算出,Y染色体起源于 1.81 亿年前。某些爬行动物的性别是由蛋孵化的温度决定的。性别的基因控制可能是始于X染色体上的一个名叫 SOX3 的基因转变为 SRY,SRY 决定了性别为雄性,Y染色体开始形成。Y染色体与X染色体的基因最初是成对的,但Y染色体上面的大多数基因被迅速抛弃,最后只保留少数稳定遗传的基因,其中之一就是 SRY。Y染色体有 12 个高度活跃的基因,控制着基因组的状态,还控制着其它基因的活跃性。而X染色体的 12 个对等基因则与之存在差异。由于这 12 个基因的差异,男性和女性的细胞在生物化学上是不同的。